Los 43 estudiantes de la Escuela Normal Rural de Ayotzinapa desaparecieron el 26 de septiembre de 2014 en Iguala, Guerrero. Aguirre, entonces gobernador, renunció ese mismo año; el caso sigue sin condenados y solo se han identificado restos de tres jóvenes.
Aguirre fue ingresado al penal de máxima seguridad del Altiplano, en el Estado de México. Es uno de los exfuncionarios de mayor rango procesados por el caso, junto con el exfiscal Jesús Murillo Karam, y la FGR basó la acusación en testimonios de testigos protegidos que lo señalan de ordenar destruir videos.